Wraz z hiszpańskim podbojem państwa Azteków na terenie dzisiejszego Meksyku pojawiły się fale śmiercionośnych epidemii. Do roku 1576 miejscowa populacja, która bezpośrednio przed przybyciem Europejczyków liczyła ponad 20 milionów osób zmniejszyła się do 2 milionów. Szczególnie poważna była epidemia z 1545 roku, która zabiła od 5 do 15 milionów ludzi. Dotychczas jednak nie wiedziano, co zabijało Azteków.

Materiał genetyczny uzyskany z zębów 10 ofiar epidemii wskazuje, że jej przyczyną był niezwykle groźny serotyp C bakterii Salmonella enterica subspp. enterica. Wywołuje on gorączkę, krwawienie, dyzenterię oraz czerwoną wysypkę. O takich właśnie objawach donoszą dokumenty z epoki.

Naukowcy od dziesięcioleci sprzeczali się, co było przyczyną tej jednej z największych epidemii w historii Nowego Świata. Najeźdźcy z Europy przynieśli do obu Ameryk liczne patogeny, w tym ospę wietrzną i tyfus. Niektórzy specjaliści uważają, że poważne susze, do których w tym czasie doszło, mogły obudzić też wiele miejscowych patogenów. Jednak w obliczu niewielkiej liczby wiarygodnych wskazówek i niezbyt szczegółowych relacji historycznych, trudno jednoznacznie rozstrzygnąć, jakie choroby dziesiątkowały rodzimych mieszkańców Ameryk i skąd one pochodziły. Cała seria epidemii, włącznie z tą z 1545 roku, jest określana ogólnym azteckim słowem cocoliztli, oznaczającym po prostu zarazę.

Kirsten Bos i Johannes Krause z Instytutu Historii Człowieka im. Maxa Plancka opracowali nowe narzędzie do analiz metagenetycznych. MALT, bo tak się ono nazywa, umożliwiło porównanie znanych kodów genetycznych referencyjnych bakterii i wirusów z DNA uzyskanym z ciał pogrzebanych przed setkami lat. Do badań wykorzystano zęby osób pochowanych na stanowisku Teposcolula-Yucundaa w regionie Mixteca Alta w stanie Oaxaca. Wcześniejsze badania radiowęglowe wykazały, że 10 z 29 znalezionych tam szkieletów należy do ofiar epidemii z 1545 roku. Po porównaniu DNA z kodem genetycznym 6247 bakterii naukowcy stwierdzili, że poszukiwany patogen to S. enterica. Bardziej szczegółowe badania najlepiej zachowanych fragmentów kodu genetycznego wskazały na serotyp C. Naukowcy porównali też uzyskane wyniki z badaniami materiału genetycznego pobranego od osób, które nie były ofiarami epidemii. Wykluczyli w ten sposób, że patogeny mogły być np. obecne w glebie i stamtąd przedostały się do zwłok.

Już z wcześniejszych badań wiemy, że serotyp C Salmonella enterica subspp. enterica występował w Europie od około 1200 roku. To sugeruje, że bakteria pochodzi ze Starego Świata. Nie mamy jednak dowodów na to, by to Europejczycy przywieźli ją do Ameryki. Obecnie serotyp ten atakuje ludzi głównie w krajach rozwijających się. W roku 2000 zaraził on 27 milionów osób.

Warto podkreślić, że wspomniane badania nie rozstrzygają ostatecznie przyczyn śmierci oraz nie wskazują na winnego epidemii. Nie można bowiem wykluczyć, że sama obecność S. enterica nie wywołała choroby. Nie można też wykluczyć, ze cocoliztli została wywołana przez inny patogen bądź różne współistniejące patogeny. Naukowcy mogli też przeoczyć wiele wirusów. Skupili się bowiem na łatwiejszym do uzyskania DNA, nie prowadzili badań pod kątem wirusów RNA. Tymczasem jedna z hipotez dotyczących epidemii mówi, że jednymi z jej przyczyn mogły być hantawirusy.